蛋产出后尽管贮存时间较短，但也不可能立即入孵。因此，种蛋在入孵前要经过一定时间的贮存。即使种蛋来源于优秀的种群；经过严格的挑选，品质优良的种蛋，如果保存条件较差，保存方法不当，对孵化效果均有不良的影响。尤其是在冬、夏两季更为突出。因此，应给种蛋创造一个适宜的保存条件和方法。
种蛋贮存室的要求：大型的孵化场应有专门的种蛋贮存室。贮存室要求隔热性能良好。无窗式的密闭房间。此外，贮存室还应配备恒温控制的采暖设备以及制冷设备， 配备湿度自动控制器。种蛋贮存室与鸭舍之间的距离越远越好，同时应便于清洗和消毒。
适宜的温度和湿度：种蛋保存的理想温度为13-16℃.但保存时间不同也有差异，保存在7天以内，控制在15℃较适宜；7天以上以11℃为宜。高温对种蛋孵化率的影响极大，当保存温度高于23℃时，胚胎开始缓慢发育，尽管发育程度有限、但由于细胞的代谢会逐渐导致胚胎的衰老和死亡；相反温度过低，也会造成胚胎的死亡，影响孵化率，低于0℃时、种蛋因受冻而失去孵化能力。应注意的是，不管在什么情况下，种蛋应存放在比较稳定的温度环境中。因此，贮存前，如果种蛋的温度高于保存温度，应逐步降温，使蛋温接近贮存室温度、然后放入贮存室。温度过高，蛋表面回潮，种蛋容易发霉变质；湿度过低，蛋内水分大量蒸发，势必影响孵化效果、保存的湿度以近于蛋的含水量为最好，贮存室内一般相对湿度控制在75-80%范围为宜。
适宜的蛋位：保存一周内的种蛋，存放时的蛋位对孵化率或许只有较小的影响 。为了使气室保持适当位置，种蛋应以钝端向上。如果每天转蛋，钝端向上保存一周以上的种蛋仍可获得较好的孵化效果。钝端向上可防止胚胎与壳膜的粘连，否则引起胚胎的早期死亡，保存时期较长时，翻蛋的角度以大于90度为宜。
适宜的保存期：保存期越短，对提高孵化率有利。随着保存期的延长，孵化率会逐渐下降。孵化率的下降与季节也有很大的关系，即使有适当的保存条件，保存时间过长，也难以获得理想的孵化效果。因为新鲜蛋的蛋白具有杀菌作用，长期保存后，蛋白的杀菌作用急剧下降。另一方面，保存时间过长，蛋内水分的过分蒸发，导致内部pH的改变，各种酶的活动力加强，引起胚胎的衰老，营养物质的变化及残余细菌的繁殖，从而危害胚胎降低孵化率。种蛋如需较长时间的保存，可将种蛋装在密封的塑料袋内，填充氮气, 密封好放在蛋箱内，这样可阻止蛋内物质和微生物的代谢，防止蛋内水分的过分蒸发。如果保存期超过3-4周，仍可获得70-80%的孵化率。种蛋长期保存时，每天翻蛋一次，也可延缓孵化率的急剧下降。
